Il più antico porto di Molfetta, secondo le fonti di archivio conosciute, è la Cala di San Giacomo, insenatura distante circa 2 km a ponente della città vecchia. Varie testimonianze storiche indicano l’utilizzo di tale insenatura come porto attivo dal XII alla metà del XVIII secolo, probabilmente perché la cala, allora più ampia, offriva facile riparo ai naviganti. Dalla metà del 1500 l’Università di Molfetta provvedeva alla presenza di un guardiano di notte e di giorno nel porto di San Giacomo. Nel 1635 furono collocate due colonne per ormeggiare i vascelli e favorire il carico della merce. Il porto, che continuò ad essere frequentato fino agli inizi dell’Ottocento, andò poi completamente in disuso per l’utilizzo di altri approdi più vicini alla città.