Caratterizzano la struttura tre cupole in asse e due torri, l’una campanaria e l’altra, d’avvistamento, che guarda il mare. Sulla facciata a Sud, la più antica, è visibile lo stemma del vescovo di Molfetta che nel 1484 diventò Papa col nome di Innocenzo VIII e, in alto a destra, una piccola meridiana. L’abside, secondo un tipico sistema pugliese, è chiusa da un muro continuo interrotto da una finestra con decorazioni in caratteri cufici e leoni stilofori. Archi ciechi si intrecciano in un motivo di gusto arabo.

Le cappelle laterali risalgono al XV- XVI secolo. L’interno, vasto e suggestivo, è suddiviso in tre navate; quella centrale è dominata da tre cupole di diversa altezza: la più antica e decorata è sul transetto. I capitelli dei quattro pilastri cruciformi sono scolpiti con motivi zoomorfi, antropomorfi e vegetali. Risalente al XII secolo, l’acquasantiera, detta del saraceno, posta a destra dell’ingresso meridionale, ci mostra un uomo dai tratti africani che regge la vasca dell’acqua. Un altorilievo in pietra detto del Redentore, del XIII secolo, fa oggi da base all’altare.