Palazzo Dogana è un edificio di Molfetta, che sorge ai margini del borgo antico, di fronte al porto. Nel corso della sua storia è stato sede del Seminario Vescovile, della Dogana e della Capitaneria di porto. Durante seconda guerra mondiale ha, inoltre, ospitato le truppe dirette al fronte greco.  A partire dalla seconda metà del , l'edificio ha vissuto un periodo di abbandono e degrado, fino al , quando sono stati avviati i lavori che lo trasformeranno in un hotel di lusso. Durante il Medioevo, quello che sarebbe poi diventato Palazzo Dogana faceva ancora parte della cinta muraria del borgo, come testimoniava, fino al Le prime notizie riguardo all'edificio risalgono al , quando il vescovo  ad un prezzo di circa milleduecento .

Successivamente, tra il 1673 e il 1694, vengono acquistate altre porzioni del palazzo della famiglia de Luca, andano a definire i confini del sito dove sarebbe sorto il nuovo Seminario. Tra la fine del  e l'inizio del  ebbero luogo i lavori al palazzo vescovile e al palazzo del Seminario, che terminarono nel 1713, anno di inaugurazione del nuovo Seminario da parte del vescovo . Sempre Salerni ottenne il 2 maggio 1725, l'autorizzazione dalla Santa Sede ad istituire l'Episcopio.

Nel 1760 il Seminario fu oggetto di imponenti lavori di ristrutturazione, completati in 3 anni con un costo di circa ventunomila ducati. Nel 1767 il vescovo Orlandi inoltrò una richiesta al re, per ottenere il trasferimento della Cattedrale e dell'Episcopio nella chiesa e nei locali appartenuti alla disciolta , trasferimento avvenuto nel 1776. Con le leggi n°794 del 21 agosto 1862, n°3036 del 7 luglio 1866 e n°3848 del 15 agosto 1867, la vecchia sede del Seminario viene ceduta al .

Successivamente l'edificio diventa sede della Dogana e della Capitaneria di Porto e, a partire dal secondo dopoguerra, gli archivi di quest'ultima e gli uffici per le visite mediche di idoneità al servizio militare di leva

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